Hack the Build: Use Whidbey Beta2 to target .NET Runtime 1.1 より
上記の blog に書かれているようにすると、VS2005 Beta2 で .NET Framework をターゲットとしてビルドできるようになるそうです。（私は試してませんが）
ただ、見てもらうとわかりますが、msbuild が使うらしいターゲットファイルというものに 1.1 用の設定を追加しているだけです。なので、できるのは 「ビルドだけ」 と思ったほうがいいと思います。
VS2005 のデバッガは .NET Framework 2.0 の機能を利用していますから、msbuild の設定をどう変えようと 2.0 の上で動くものと思います。
それにウイザードなどが partial クラスといった 2.0 で追加された機能を使ったコードを生成してしまうと、とうぜん 1.1 ではビルドできなくなるはずです。
というわけで、「VS2005 のビルドプロセスのカスタマイズの例」 と言う意味ではおもしろいんですが、実用として使うのはちょっと難しそうに思います。