Visual Studio 2005 のセットアップは以前の RC、beta、CTP などのアンイストールを自動では行ってくれません。手動できっちりアンインストールする必要があります。詳しいことは、
ディベロッパー製品開発統括部 Blog: 「Visual Studio 2005最終リリースバージョンのセットアップの際に」
を参照されるといいと思います。
ただ、これだけだと足りないかもしれません。
VS2005 は C:\Documents and Settings の下などにもいろいろとファイルを作ります。ただ、このようなところにあるものは、ユーザの設定値やユーザが作成したファイルなので勝手に消すわけにもいきません。なので、基本的にはアンイストールを行っても削除されません。自動アンインストールツールを作っても削除されません。もし心配ならこれらのファイルも消しておいたほうがいいでしょう。（私は、"Visual Studio 2005" とか "Visual Studio 8" とかっていう 2005 に関連しそうなフォルダをバックアップを取りながら消すようにしてます）
で、きちんとアンインストールしたつもりでも、ツールボックスの内容がおかしかったり、ひどいときは IDE でのキー入力もまともに動かなかったりする場合があるようです。どうやらこれは、
How to resolve errors opening currentsettings.vssettings in the final release of VS 2005
によると "C:\Documents and Settings\USERNAME\My Documents\Visual Studio 2005\Settings\currentsettings.vssettings" が残っているのが原因のようです。そして、これは
- Visual Studio IDE のすべてのインスタンスを閉じる。
- スタートメニューからコマンドプロンプトを起動する。
- そのコマンドプロンプトに
"%programfiles%\Microsoft Visual Studio 8\Common7\IDE\devenv.exe" /resetuserdata
（VS2005 がデフォルトのパスにインストールされている場合）
と入力して devenv.exe を /resetuserdata 付きで実行する。
- devenv.exe が終了するまで 1～2分待つ。タスクマネージャで devenv.exe が終了したか確認する。
とすることで解決できるようです。
リファレンスには /resetuserdata というのは載ってなくて、/ResetSettings があります。上記の blog によると /resetuserdata が正しいみたいですが。。。